В XII -XV веках территория Карелии входила в состав Новгородской феодальной республики. Деревни находились во владении новгородских бояр, которым местные крестьяне платили подати. Новгородское время было периодом активного военного противостояния со Швецией. Территория проживания карел - Карельский перешеек - оказалась в эпицентре военных действий. Это явилось одной из причин оттока карел во внутренние районы Карелии, в том числе и в Обонежье. Источники сообщают об участии местного карельского населения в военных походах в составе новгородского войска.
Важная страница новгородского времени связана с началом христианизации местного карельского населения. Летопись сообщает, что в 1227 году князь Ярослав Всеволодович предпринял попытку крестить карел, однако она оказалась неудачной. Тем не менее, в XIV веке в Обонежье основываются первые монастыри - Муромский и Палеостровский.
В 1478 году, вместе с другими новгородскими владениями, территория Карелии вошла в состав Московского государства. В это время земли вокруг Онежского озера являлись частью Обонежской пятины - одной из пяти административных образований новгородской земли. Подчинение Москве коренным образом изменило положение местных крестьян. На этих землях не было помещичьего землевладения и отсутствовало крепостное право. Крестьяне были "отписаны на государя" и платили подати только в государственную казну.
Конец XVI -начало XVII века, смутное время российской истории, явилось тяжелым периодом и в истории Карелии. Военные набеги шведских интервентов на местные селения следовали один за другим. В 1611 году пала крепость Корела. После заключения Столбовского мира 1617 года территория проживания карел отошла к Швеции. С этого времени начался массовый отход карел со своей исторической родины и их расселение во внутренних районах Карелии, а также на территории современной Тверской области. Смутное время нанесло сильный удар по хозяйственному развитию края. Опустели сотни крестьянских хозяйств, было заброшено большинство земельных угодий.
Церковная реформа XVII века патриарха Никона и последовавший за этим раскол повлекли приток на территорию Карелии новой категории переселенцев, которые не приняли церковных нововведений. Удаленные северные деревни становятся прибежищем для бежавших от преследований властей старообрядцев. В XVIII -XIX веках Выговская пустынь становится крупнейшим центром приверженцев старой веры на Севере. Культура староверов отразилась на образе жизни деревень Карелии.